曾毓隽重提的联孙话题，段祺瑞深，遂再次派人敦请孙中山早日入京。1924年12月31日，已在途中身染重病的孙中山应邀扶病入京。二，段祺瑞在北京召善议，同电邀孙中山、黎元洪及在京的国民党人参加。
按照“三元老方案”，应该是先国是议，再讨论就职，现在段祺瑞却是执政的身份主持议，且孙中山随议所提的修改意见，未被段祺瑞所接受。孙中山此表示强烈不满，除他己拒绝与外，同命令国民党人一律不参加议。黎元洪西南人拒绝与抵制。
因人数不足，善议被迫拖了两周间才召一次正式议。虽段祺瑞的执政位通次议获了法律依据，但他的两愿望落空了，既不与国民党顺利合，无法取西南诸侯的支持。
抛西南方面不谈，孙、段其实从根子就无法融合。孙中山是革命领袖，他的那套三民主义及其三政策，与整北洋系格格不入。段祺瑞北洋领袖，本身就有一套，更无法接受吸收孙中山所提的东西。
孙、段，情形是此：一般段派人员基南北见，国民党人不推诚相见，国民党人段政府同猜疑加指责，始终不信任。
随孙中山一同进京的汪精卫曾段公馆与段祺瑞见面，但却话不投机，越说越拧。双方不但不解决任何问题，弄很不痛快。
许求同存异的唯一办法，就是双方领袖够坐面面认真谈一谈，但孙中山京，孙、段始终未正式晤。某次，有人问随孙中山一同进京的汪精卫：“先生（孙中山）北，老段有有拜先生？”汪精卫回答：“契弟（汪的口头禅，指代他所不喜欢的人）怎先生的！”
其实汪精卫说的并不是真话。孙中山京，段祺瑞曾次亲访孙中山，流意见，但被汪精卫等人挡驾。国民党人倒不是故意难老段，是在京名医在孙中山的病情进行诊，一致认病人应完全静养，严禁客。平够与孙中山见面的仅汪精卫、孙夫人宋庆龄等少数人，连许国民党元老被迫打消了同孙中山面的念头。
1925年3月12日，孙中山病逝北京。虽政见不合，但段祺瑞总体说孙中山是尊重的，孙中山逝世的消息传，他正在席国务议，听闻立即宣布散，除派人孙中山行辕吊唁外，批准内务部所议，孙中山采国葬的方式葬。
反在京的国民党中执委认在广东有己方的政府，不承认北京政府所做的决定，因拒绝国葬，同意采国民葬礼。
了孙中山丧公祭的日子，根据原定安排，段祺瑞本亲临吊奠，他已经穿礼服，准备登车前往。京师警察总监朱深段公馆报告，说他刚刚由设祭的中央公园赶，并且说他已侦听，国民党人将在段祺瑞设祭施非常手段。
曾毓隽正在段祺瑞身边，他不相信朱深所说，认太离奇，不足信。朱深赌咒誓他所说的是实，乃至声泪俱。其他人见状站了朱深一边——且不说朱深吃的是警察饭，有确凿证据，不在重的情撒谎。即从早期国民党人的处风格，刺杀乃其常便饭，未必就不有国民党人因孙氏的世迁怒段，从做极端。
，很有朱深是神经敏。是试问，段祺瑞若真的主祭，谁确保他绝安全？谁不，曾毓隽亦不例外。
段祺瑞患足痛症已有四五年久，严重，即便量的麻醉剂无法减轻疼痛，必须将两脚放在装满冷水甚至冰水的桶内泡半，方减轻疼痛。是与段比较熟悉的军政界人士经常的一幕。
就在公祭前两，段祺瑞又正足痛症，是他便腿脚肿胀，不穿鞋由，临改派内务总长龚湛主祭。汪精卫、李烈钧等国民党人本就段政府存误，见此情景，更令他雷霆，认段祺瑞是有意托故不参加。李烈钧公骂段祺瑞，说是“死总理吓倒了活执政”，前主祭的龚湛被禁止从中路进入灵堂。
段祺瑞失了与国民党恢复情感联系的最一次机。至此，段政府与国民党的关系完全破裂，国民党表示坚决不再与段合。与相应，广东国民党政府决定仍由胡汉民代行元帅职权，继续北伐进行准备。